Под WinCE думаю стоит брать .NET, потому что с родным WinCE API голову сломать можно. Можно даже использовать Delphi/C++Builder, которые под .NET
Думаю Java слишком тяжелая для WinCE. Тем более что в старых процах, которые в навигаторах, вряд ли есть расширения команд под Java.